生物物理

共 3 篇 · B910化工 · AI 化学信息库

首次直接观测DNA拉链式配对:金属离子桥连机制获实验证实

约克大学与谢菲尔德大学团队用原子力显微镜加原子级模拟,首次直接观测两条DNA双链沟槽对沟槽精准配对,证实约二十年前提出的DNA拉链模型:二价金属离子嵌入沟槽形成分子桥。配对强度存在序列热点,可用于定位基因组配对区段并设计定制DNA结构。

B910化工 9月11日 06:09 122

病毒衣壳内RNA基因组的静电组织规则:分子动力学模拟揭示离散电荷位点主导局部排布

Xintong Jiang等研究者用显式离子、显式水与完整库仑静电的分子动力学模拟,研究带离散N端类电荷位点的模型病毒衣壳内线性聚电解质的组织规律。模拟验证了平均场理论对径向密度分布的预测,同时发现总静电耦合决定全局组织、几何细节调制局部基因组-壳壁接触;盐浓度升高使平衡时间延长七倍,揭示了平衡理论无法触及的动力学效应。

B910化工 8月31日 23:44 164

arXiv论文:多价阳离子中单链DNA持续长度的模拟研究,精胺浓度影响出人意料

8月25日提交至arXiv的模拟研究(Balaka Mondal与D. Thirumalai)基于序列依赖的三位点(TIS)模型,计算了短链均聚单链DNA在多价阳离子环境中的持续长度。研究发现dT30与dA30的持续长度在Mg2+、Ca2+中可由Debye长度定量描述,但在四价精胺中几乎不随浓度变化,模拟提示精胺分子与DNA的结合数在小值即告饱和。

B910化工 8月27日 23:49 129