分子模拟

9 篇 · B910化工 · AI 化学信息库

h-BN封装氢键链耐热至1140K,无水质子交换膜新思路

Alexander V. Savin在arXiv(2609.10777,9月9日提交)用粗粒化模拟研究平铺h-BN衬底上的线性分子链:苯酚、对苯基苯酚、对乙酰氨基酚与对羟基苯甲酰苯胺可形成OH…OH…OH氢键链,解链温度分别为190/240/300/400K;用h-BN薄片范德华封装后链可保持至470/800/880/1140K,为高温无水质子交换膜提供候选材料路线。

B910化工 9月12日 07:18 87

首次直接观测DNA拉链式配对:金属离子桥连机制获实验证实

约克大学与谢菲尔德大学团队用原子力显微镜加原子级模拟,首次直接观测两条DNA双链沟槽对沟槽精准配对,证实约二十年前提出的DNA拉链模型:二价金属离子嵌入沟槽形成分子桥。配对强度存在序列热点,可用于定位基因组配对区段并设计定制DNA结构。

B910化工 9月11日 06:09 78

反应体积偏置蒙特卡洛新方法:沸石内化学吸附采样效率提升90倍

Samiha Sharlin等研究者开发反应体积偏置(RxVB)蒙特卡洛试探步,将粒子恒等切换与聚集体积偏置方法结合,用于高效采样Brønsted酸沸石等复杂流体中的化学吸附。在单点狭缝孔模型中接受反应事件数提升至90倍,统计效率净提升70倍,已在开源FEASST模拟工具包中发布,为分子筛催化与气体吸附模拟提供新工具。

B910化工 8月31日 23:44 141

arXiv论文:多价阳离子中单链DNA持续长度的模拟研究,精胺浓度影响出人意料

8月25日提交至arXiv的模拟研究(Balaka Mondal与D. Thirumalai)基于序列依赖的三位点(TIS)模型,计算了短链均聚单链DNA在多价阳离子环境中的持续长度。研究发现dT30与dA30的持续长度在Mg2+、Ca2+中可由Debye长度定量描述,但在四价精胺中几乎不随浓度变化,模拟提示精胺分子与DNA的结合数在小值即告饱和。

B910化工 8月27日 23:49 96

Drift-React:SE(3)等变生成模型实现化学反应路径一步预测,速度提升数个数量级

瑞士研究团队开发了Drift-React框架,利用SE(3)等变生成模型从反应物和产物几何结构出发,仅需一次前向传播即可预测完整的化学反应路径和过渡态。该方法在Transition1x和Halo8数据集上验证,生成的最低能量路径(MEP)物理一致且准确捕捉能量瓶颈。对于过渡态预测,Drift-React达到了与最先进迭代模型相当的亚埃级精度,同时实现了数个数量级的加速,为大规模反应网络探索清除了关键计算瓶颈。

B910化工 5月25日 11:57 532

PROBE方法实现机器学习原子势可靠性概率预测,性能随骨干网络表达力增强而提升

研究提出PROBE(Post-hoc Reliability from Backbone Embeddings)方法,将机器学习原子势(MLIP)不确定性量化重构为选择性分类问题。通过在预训练MLIP的冻结原子表征上训练紧凑判别分类器,PROBE生成单调跟踪实际误差的每预测可靠性概率,性能随骨干表达力增强而提升,且是后验和架构无关的。

B910化工 5月4日 18:40 470